Junto destas mudanças estruturais, a pesquisa foi incorporada no Departamento de maneira mais efetiva. Para dar suporte ao desenvolvimento dessas ações, o Centro de Estudos e Pesquisas Alípio Correa Neto iniciou suas atividades e, nos últimos 30 anos, consolidou-se como entidade científica do DC, sendo responsável pela organização e coordenação de inúmeros cursos, palestras e a tradicional Jornada científica bienal.
A partir de 1992, a videocirurgia foi introduzida no DC, os membros do Departamento e diversos professores de outras faculdades puderam aprender essa nova via de acesso.
O programa de pós-graduação da Faculdade permitiu a todos os assistentes do Departamento ou professores de outras instituições, titularem-se mestres, doutores ou livres-docentes.
Após 1996, foram indicados ex-alunos e ex-residentes titulados para chefes do Departamento de Cirurgia e atualmente, Dr. Luiz Arnaldo Szutan comanda o setor. Os que ocuparam a chefia mantiveram e aperfeiçoaram a estrutura do DC e, como consequência da evolução médico-cirúrgica, em 2000 iniciaram-se as cirurgias da obesidade mórbida/metabólica, e de transplante de órgãos.
Atualmente, desenvolve-se esforço para incorporação de total tecnologia para o tratamento de paciente do SUS (Sistema Único de Saúde), treinamento teórico/prático (hands on) de todas as especialidades para cirurgiões do Brasil e implementação de pesquisa/científica.
